عندما حدث الغزو العراقي للكويت أراد الشيخ سعد العبد الله الصباح المحافظة على الشرعية الكويتية المتمثلة في أمير البلاد، فذهب إلى قصر دسمان مقر إقامه الأمير وأصر عليه بأن يخرج من الكويت بالرغم من رغبه الأمير في البقاء مع شعبه [74]، وأتاحت السياسة المتزنة التي كان يتبعها الشيخ جابر تعاطف أغلب دول العالم مع الكويت بعد غزو العراق للكويت في عام 1990، وحتى الاتحاد السوفييتي الذي كان يعد حليفا للعراق والذي كان مرتبطاً باتفاقية تعاون وصداقة مع العراق [75]، وتم عقد العديد من المؤتمرات منها مؤتمر القمة العربية الذي عقد في مصر في 10 أغسطس 1990، ومؤتمر القمة الإسلامي الذي عقد في مكة المكرمة والجمعية العامة للأمم المتحدة في دورتها الخامسة والأربعين، وقام بالاجتماع مع الدول الخمسة الدائمة العضوية (الولايات المتحدة الأمريكية، الاتحاد السوفييتي، بريطانيا، فرنسا، والصين) وعدد من الدول الصديقة لشرح قضية الكويت [75]، واتخذت الحكومة الكويتية من الطائف في السعودية مقراً لها [76]، وعندما وصل إلى الطائف قطع كل الشكوك بشأن سلامته، وخطب بالشعب الكويتي يحثهم على المقاومة من أجل تحرير الكويت، وكان يطالب الشعب الكويتي في الكويت بالصمود في وجه الجيش العراقي، وكانت الخطبة في يوم 3 أغسطس 1990 [77].
أعلن الأحكام العرفية بعد تحرير الكويت في فبراير 1991 لمدة ثلاثة أشهر، وعين الشيخ سعد العبد الله الصباح حاكماً عرفياً [23].
عاد إلى الكويت في 14 مارس 1991 على متن الطائرة بوبيان التابعة للخطوط الجوية الكويتية بعد انتهاء حرب الخليج الثانية، وعند نزوله إلى أرض الكويت سجد شكرا لله على عودة الكويت [78].
وفي يوم 6 نوفمبر 1991 قام بإطفاء البئر المشتعل الأخير وهو برقان 118 في احتفال شعبي ضم أكثر من 800 شخصية عالمية وعربية وكويتية [79].
بعد انتهاء حرب الخليج الثانية، طالب بإطلاق الأسرى الكويتيين الموجودين في العراق، وقام بعدد من الزيارات إلى عدد من دول العالم لشرح القضية، وقد اصطحب معه في تلك الزيارات بعض أبناء الأسرى [80].