للجابري رؤية للدين وعلاقته بالسياسة تختلف عن رؤية معظم الاتجاهات "الحداثية"
على طول عالمنا العربي؛ فالدين بالنسبة للجابري ينبغي ألا يطرح كشيء يمزق الهوية. ويعتقد أن الذين يطرحون الدين كمشكلة في المغرب -مثلا- يبالغون كثيرا! فالدين في تصور الجابري قد يكون مشكلة عندما يكون هناك تعدد ديني أو مذهبي أو طائفي.
وإذا ما انتقلنا إلى الجانب المتعلق بعلاقة الدين بالسياسة يقرر الجابري أن المطلوب في المجال السياسي في أي بلد إسلامي هو الخلفية الإسلامية، وهي -كما يقول- لا تتنافى مطلقا مع أي منظور حداثي وتقدمي.
أما عن الإشكالية القديمة المتعلقة بعلاقة الدين بالعلم؛ فيرى الجابري أنه لم يكن في الإسلام صراع بين الدين والعلم، كما كان حال أوربا. ولم يحرم علماء الدين عندنا القول بدوران الكرة الأرضية، بينما حرمها رجال الكنيسة!
ولتبيان مركزية الدين في تاريخنا أشار الجابري إلى أنه عندما مورست السياسة في الدين -في تاريخنا- كانت المصطلحات السياسية غير موجودة، وأن المفاهيم الدينية هي التي كانت سائدة. ويصر الجابري على القول بأن الصراع في تاريخ الثقافة العربية الإسلامية كان بين الفلسفة والسياسة.